Uratarina

antti

Koulutukseni tärkein valtti on valmius tehdä kriittistä tieteellistä tutkimusta, toteaa fyysikko Antti Karlsson.

 

Luonnontieteilijöille löytyy kysyntää biopankeista

Sairaaloissa otetut näytteet ja niistä analysoidut tulokset auttavat potilasta, mutta voisivatko taudinmäärityksen ja hoidon yhteydessä otetut näytteet auttaa myös jotakuta toista?

Tekemällä biopankkisuostumuksen potilas antaa suostumuksen siihen, että hänestä sairaalassa kerättyjä näytteitä ja niihin liittyviä kliinisiä tietoja voidaan hyödyntää lääketieteelliseen tutkimukseen. Näin suostumuksen antaja voi omalta osaltaan edistää tieteen kehitystä. 

Biopankkien perustamisen mahdollistava biopankkilaki astui voimaan vuonna 2013. Suomen ensimmäinen biopankki, Auria Biopankki, perustettiin länsirannikolle. Auria toimii Turun Yliopiston sekä Varsinais-Suomen, Satakunnan ja Vaasan sairaanhoitopiirien alueella. Auria Biopankki on kiinteä osa Turun yliopistollista keskussairaalaa, ja näytteiden ja tietojen käsittely tapahtuu sairaalan tietoturva- ja tietosuojakäytäntöjen mukaisesti. 

Fyysikko ei säikähdä uusia haasteita

Vaikka biopankki on vahvasti lääketieteen ytimessä, löytyy biopankeissa kysyntää myös luonnontieteilijöille. Fysiikan tohtori Antti Karlsson aloitti väitöskirjansa loppumetreillä työskentelyn TYKS:ssä sairaalafyysikon sijaisena ja siirtyi sieltä Auria Biopankkiin. Hänen työtehtäviinsä Aurialla kuuluu kliinisen datan analysointi.

Kliininen data asettaa monenlaisia haasteita data-analyytikolle. Työn jokaisessa vaiheessa on pidettävä mielessä datan arkaluonteisuus ja potilaiden tietosuoja: kliinistä dataa käsitellään aina tietoturvallisessa ympäristössä sairaalan palomuurien sisällä. Lisäksi Auria Biopankin järjestelmissä tietoa käsitellään ilman henkilötunnuksia pseudonymisoituna. Kaikkea tietoa ei aina löydy taulukoidussa muodossa tai data voi olla pirstaloitunutta. 

– Koska tutkimuksissa käsitellään vähintäänkin satojen, jos ei jopa tuhansien potilaiden tietoja, ei tietojen tarkastelu henkilöittäin yleensä tule datan valtavan määrän takia kuuloonkaan, Antti Karlsson kertoo.

– Ratkaisuna olemme kehitelleet datan käsittelyyn tehokkaita tekstinlouhinta-algoritmeja, joiden avulla esimerkiksi tuhansien potilaiden tupakointitiedot voidaan selvittää tehokkaasti. Ison datan käsittelyyn voidaan käyttää myös keinoälyä ja koneoppimisalgoritmeja, Antti lisää.

Mitä käyttöä teoreettisen fyysikon koulutukselle sitten on biopankissa? Antin mukaan luonnontieteiden koulutuksen tärkein valtti on se, että se valmentaa tekemään kriittistä tieteellistä tutkimusta. 

– Tutkimusaiheeseen pitää perehtyä huolella, tuloksia tulee vertailla kirjallisuuden kanssa sekä konsultoida niistä kliinikoita. Saatujen tutkimustulosten takana on pystyttävä seisomaan, Antti selventää.

– Omaan fysiikan koulutukseeni sisältyi myös paljon koodaamista, joka on nykyisessä data-analyytikon työssäni välttämätön taito. Kattava koulutus antoi valmiudet tehdä monenlaista tutkimustyötä ja toisaalta taidon oppia uutta. Fyysikko ei säikähdä uusia haasteita, Antti summaa.

Tiedossa on voimaa

Auria Biopankin näytteisiin yhdistettävien terveydentilaa koskevien tietojen avulla saadaan kuva potilaan sairaushistoriasta, laboratorioarvoista, hoidoista, lääkityksistä ja tehdyistä toimenpiteistä. Pian biopankkitoiminnan aloittamisen jälkeen kävikin ilmi, että näytteiden tutkimuksellinen arvo perustuu olennaisesti näihin kliinisiin tietoihin. Kliinisen datan avulla löydetään kuhunkin tutkimukseen juuri oikeat näytteet. Toisaalta datasta on mahdollista tutkia millaisista hoidoista eri potilasryhmät hyötyvät parhaiten, ja verrata tätä tietoa näytteiden biologisiin ominaisuuksiin tai potilaan perimään.

Digitaalinen kliininen data on Suomen vahvuus; juuri missään muualla maailmassa ei ole yhtä kattavasti potilastietoa sähköisessä muodossa. Se, että kliinisiä tietoja voidaan hyödyntää biopankkitutkimuksissa, tekee Suomen biopankeista kansainvälisestikin erittäin merkittäviä. Tämän ovat huomanneet myös kymmenet akateemiset tutkimusryhmät sekä useimmat johtavat lääkealan yritykset. 

Auria Biopankissa on käsitelty tähän mennessä jo yli 140 biopankkitutkimusta, joista saatujen tulosten perusteella on muun muassa havaittu uusien hoitokäytäntöjen parantaneen suolistosyövän ennustetta TYKS:n klinikoilla. Analysoimalla dataa voidaan siis objektiivisesti tutkia tehtyjen muutosten vaikutusta, ja samoja käytäntöjä voitaisiin viedä muihinkin sairaaloihin. •

Antti Karlsson

 

KOULUTUS

2007–2010

Fysiikan kandidaatti, teoreettinen fysiikka, Turun yliopisto 2010–2011 Master of Science, Perimeter Scholars International, University of Waterloo, Kanada 2013 Filosofian maisteri, teoreettinen fysiikka, Turun yliopisto

2013–2016

Filosofian tohtori, väitöskirjan otsikko: Memory effects and geometrical considerations in open
quantum systems, teoreettinen fysiikka, Turun yliopisto

 

TYÖKOKEMUS

5–12/2015

Sairaalafyysikon sijainen/apulainen, PET-keskus, Turun yliopistollinen keskussairaala

5/2016–

Data Scientist ja nykyään kehityspäällikkö, Auria biopankki. Tehtävänä analyysien ja tieteellisen tutkimuksen tekeminen, uusien menetelmien käyttöönotto ja yhteistyöprojektien etsiminen.

 

Teksti: Mikko Tukiainen • Kuva: Auria

 

 

Anna palautetta

Viesti välitetään sähköpostilla sivuston ylläpitäjille. Sitä ei julkaista.

Anna palautetta

Viesti välitetään sähköpostilla sivuston ylläpitäjille. Sitä ei julkaista.